Na afronding van de cursus is de student in staat:
· De relatie tussen moleculaire eigenschappen en spectroscopische methodes begrijpen
· eenvoudige IR-, Massa- , NMR-spectra interpreteren en voorspellen.
· Absorptie vs. Emissie: Fluorescentie
· Conjugated pi-electron systemen en hoe Ultraviolet (UV) spectroscopie deze kan bestuderen.
· De relatie tussen energieën en de intermoleculaire krachten te begrijpen.
· Het concept van entropie te begrijpen in relatie tot biologische processen.
· Waarom bepaalde processen wel en andere niet kunnen plaatsvinden (free energy)
· Om de relatie tussen pH en lading van een eiwit te begrijpen
· Thermodynamica te gebruiken om moleculaire interacties en biologische functie te begrijpen.
|
|
Deze cursus gaat over de fysische chemie van biologische moleculen en hoe we ze kunnen bestuderen. Zoals de interactie van licht met materie ons in staat stelt om de wereld te kunnen zien, bieden spectroscopische technieken enkele van de meest krachtige methoden voor het bepalen van de structuur en eigenschappen van biomoleculen. In onze cursus zul je vertrouwd worden met voorbeelden van dergelijke spectroscopische methoden en hoe we ze kunnen gebruiken om biologische moleculen op het meest gedetailleerde dwz atomaire niveau te kunnen zien. Structuur en functie van biologische systemen worden bepaald door de wisselwerking tussen thermische beweging en de verschillende krachten tussen de moleculen, zoals algemeen in de fysische werkelijkheid. Parallel aan de spectroscopie wordt een introductie in de thermodynamica gegeven. Daar worden de twee hoofdwetten van de thermodynamica behandeld: de eerste hoofdwet, behoud van energie, en de tweede hoofdwet, die een statistische basis heeft. Uit de tweede hoofdwet volgt dat bepaalde processen waarschijnlijk zijn en andere (zeer) onwaarschijnlijk. Via de hoofdwetten van de thermodynamica is het in principe mogelijk om de richting van een proces te voorspellen. Bij deze cursus zullen we ons concentreren op (bio) chemische reacties, binden van medicijnen aan eiwitten, eiwit vouwing, en redox potentialen.
Practicum
- Buffers en pH
- Colorimetrie (UV-vis), Lambert-Beer
- Maken van eigen Bradford reagens
- Bepalen van eiwit concentratie evt. vergelijken met afgewogen hoeveelheid. (foutenleer/statistiek)
- Binding experimenten
- Binding van DAPI aan DNA (Fluorescentie)
- Binding van Riboflavine aan Riboflavine Binding Protein (Absorptie)
- Binding van coumaric acid aan BSA (Fluorescentie)
- Labeling van Eiwit met bijv Dansyl chloride (binding van A22 aan BSA) (nog te testen)
- Eiwit zuivering (phycocyanin) en ontvouwing door omstandigheden (pH, hitte etc)
|
 |
|