Leerdoelen
- het zelfstandig interpreteren van primaire literatuur en het verder verzamelen van aanvullende gegevens uit ander informatiebronnen,
- het kunnen samenvatten en beschrijven van complexe beschrijvingen van genetische systemen en hun werking en regulatie,
- het belang van genoomprojecten te verwoorden, en de benaderingen en werkwijzen om genomen in kaart te brengen te beschrijven,
- de organisatie van genomen van hogere eukaryoten samen te vatten
- het gebruik van comparative genomics en samenhangende evolutionaire werkingsmechanismen samen te vatten,
- het doel van functional genomics en de werkwijze om functies in kaart te brengen samen te vatten,
- de mechanismen die het genoom veranderen te verwoorden,
- de modificaties in chromatine te begrijpen en toe te passen om hun invloed op de expressie van genen te beredeneren,
- browsers en databases te gebruiken met betrekking tot het vinden van gegevens over genen en genomen,
- het integreren van genomics en genetische data met het doel om in begrijpelijke taal over een bepaald onderwerp een essay te schrijven en te verdedigen.
- Het voorbereiden van een pleidooi en het verdedigen van standpunten in een debat.
|
 |
|
Ingangseis
De cursus De Cel (niveau 2) of vergelijkbare kennis; basiskennis Moleculaire Biologie (jaar 1 van de bacheloropleiding Biologie of vergelijkbaar) aangevuld met kennis van hoofdstukken 4 t/m 7 van Molecular Biology of the Cell (Alberts et al., 5th edition).
Studiepad
De cursus is kerncursus in de studiepaden Theoretische Biologie en Bioinformatica en Ontwikkelingsbiologie, maar kan ook nuttig zijn voor Plantenbiologie, Celbiologie en Evolutie & Biodiversiteit.
Inhoud en werkvormen
In deze theoretische cursus gaan we dieper in op de structuur en opbouw van eukaryote genomen en de mechanismen die de organisatie, regulatie en evolutie van het genoom beïnvloeden. Tijdens de cursus behandelen we ook actuele onderwerpen als kloneren, RNA interferentie, epigenetica, personal genome, genome editing, en houden we twee debatten. Iedere week volg je op maandag een college dat de basis vormt voor de verdere week. Op de andere dagen werk je aan opdrachten. De docenten zijn dan beschikbaar voor overleg en vragen. Op een aantal vrijdagen werk je aan computeropdrachten die gericht zijn om te leren werken met DNA informatie.
De eerste 4 weken van de cursus hebben als thema Genoomopbouw en –regulatie. Hierin komen onderwerpen als chromosoomopbouw, chromatine, epigenitica en imprinting aan de orde. In dit eerste blok zullen ook twee debatten (in de vorm van een rechtszaak) georganiseerd worden over onderwerpen gerelateerd aan dit thema en zal er een gastcollege over “organisatie van het DNA in de kern” zijn. Het eerste blok zal worden afgesloten met een tentamen.
Het tweede blok van 6 weken staat in het teken van analyse, evolutie en functie van genomen. Hier worden de methoden van genoom-sequencing besproken en is er veel aandacht voor comparative genomics en genoomevolutie. De beschikbaarheid van genoom-sequenties maakt het mogelijk om alle genen in organismen te bestuderen. We behandelen expressie van het genoom, interactienetwerken, functional genomics en genoom-editing, wat erop gericht is om de biologische functie van genen in het genoom te bepalen. In een gastcollege zal het onderwerp “Personal genome” worden besproken en is er een discussie over dit onderwerp.
Een belangrijk onderdeel van dit blok is het schrijven van een werkstuk over nieuwe inzichten in genoomevolutie die zijn verkregen door het beschikbaar komen van nieuwe genoomsequenties. Hierbij komen alle tot dusverre behandelde aspecten van de cursus terug. Naast het schrijven van het werkstuk beoordeel je samen met je groep (van 4 studenten) het werkstuk van een andere groep en stel je kritische vragen tijdens de verdediging van het werkstuk. In de laatste week van de cursus is er tijd voor zelfstudie en is er een afsluitend tentamen.
Blackboard
Blackboard is een belangrijk hulpmiddel tijdens de cursus. Hierop staat alle voor de cursus nodige informatie.
Toetsing
Actieve deelname aan de computeropdrachten is verplicht. De maandagcolleges zijn hiervoor onontbeerlijk. De beoordeling vindt plaats door twee schriftelijke toetsen (60%, iedere toets moet een 5 of hoger scoren om de cursus te halen en gemiddeld hoger dan een 4 om de cursus te mogen herkansen), het voeren van het debat (10%), en het werkstuk met de bijbehorende peer-review en verdediging (30%).
|
|
|